Свої історичні витоки футбольна команда з міста Енергодара бере у середині 70-х років ХХ століття, коли на тлі будівництва двох енергетичних гігантів країни Запорізької АЕС та Запорізької ТЕС було засноване місто енергетиків.
Перша збірна міста Енергодара з футболу приймала участь у обласних, районних, республіканських та навіть всесоюзних змаганнях.
У різні часи команда виступала з різним успіхом та мала різні назви, наприклад: "Ізотоп", "Енергія", "Енергодар", збірні ЗАЕС та ЗАТЕС, "Баварія". Проте, з 2011 року в чемпіонаті області Енергодар не був представлений.
Датою народження сучасного ФК "Енергодар" слід вважати 23 березня 2021 року, коли чотири співзасновники вирішили утворити ГО "Футбольна команда міста Енергодара" (або скорочено – ГО "ФК Енергодар").
Поштовхом для створення команди стала її участь та перемога у фіналі в Кубку голови Запорізької обласної держадміністрації 2020 року. До речі, попередній Кубок голови Запорізької ОДА у 2013 році також забрав Енергодар.
Місцеві футболісти-аматори своїм досягненням змогли відродити не тільки свою віру у можливість відродження великого футболу в Енергодарі, а також і віру мешканців міста та місцевої влади в успіх Енергодара в чемпіонаті області.
Склад команди, як і раніше, базується виключно на мешканцях міста, вихованцях місцевих ДЮСШ, "Темп-ЗАЕС", "Енергія", без залучення "легіонерів".